替代与修复受损和死亡细胞

干细胞的自动归巢特性是一项非常重要的功能，它可以使得干细胞在注入人体后，能够自动聚集到受损的器官及相应的部位，并分化为这些器官和部位的特异性细胞。

这项功能使得干细胞成为了一种非常有前途的治疗手段，可以用来修复各种受损组织，包括肝脏、心脏、肺部、肾脏、神经系统等等。

在目标组织微环境的作用下，干细胞可以分化为新的细胞与组织，从而修复受损组织。这种修复过程是非常复杂的，需要多种细胞因子的参与，包括生长因子、细胞黏附分子、细胞外基质等等。通过干细胞自身分化功能来生长出新组织细胞，可以弥补组织细胞的衰老、死亡、损伤，使得病变的组织与细胞恢复健康。 此外，干细胞还可以参与新生血管的修复，改善损伤组织微循环。

激活休眠和处于抑制状态的细胞

人体生长发育通过细胞分裂完成，随着年龄增加，部分细胞在分裂后，脱离了正常细胞周期，呈现功能性休眠状态。

干细胞作为年幼新生细胞，给脱离细胞周期的成年细胞带来了青春讯息。受到干细胞刺激的休眠细胞和抑制状态细胞活化起来，重新进入细胞周期，通过分裂增殖，增加体内新生细胞数量，有助于人体新陈代谢进程恢复正常。

旁分泌作用

干细胞注入目标组织后，可通过分泌各种蛋白质、酶与多种因子（如神经营养因子、抗凋亡因子等各种生长因子、细胞因子）及调节肽和气体信号分子等多种生物活性因子，作用于周围细胞，发挥旁分泌作用。

促进细胞增殖，抑制功能细胞凋亡，使现有组织祖细胞分化，修复受损组织并生长新组织。

免疫调控机制

人体免疫性疾病是一类由于自身免疫细胞产生“误判”，攻击自身重要细胞、组织及器官的疾病。这类疾病的发生是由于机体免疫系统出现了失调，导致机体对自身组织产生了攻击性反应。干细胞是一种具有广泛应用前景的细胞类型，它们不仅可以分化成各种类型的细胞，而且还具有免疫调节功能。

干细胞本身不引起免疫类细胞活化，但可抑制自然杀伤细胞增殖，通过细胞间接触和可溶性因子的分泌发挥免疫抑制功能。

干细胞具有明显的免疫抑制活性，它们通过多分子参与、多途径调控、旁分泌作用等多种方式，与机体炎症微环境相互作用，对机体免疫反应进行动态调控。 干细胞的免疫调节功能已经得到了广泛的研究和应用。

促进细胞间信号传导恢复

干细胞分泌的蛋白质、酶、生物活性因子等，可以帮助修复、增强细胞间信号传导通路。如间充质干细胞分泌连接蛋白帮助细胞间连接、促进离子通道开放等，使细胞间信号传导通路畅通，信号传递及时准确，构建健康、稳固的信号传输网络，抑制因信号传递错误导致的疾病。